Thenamaris a été créé en 1972, au Pirée, en Grèce et a commencé avec une flotte de huit navires de marchandises sèches sous gestion. La compagnie a bien prospéré dans ses premières années et en 1976, Thenamaris passait sa première commande de navire neuf au chantier naval Namura, au Japon, pour la construction de trois vraquiers de 26 000 tonnes de port en lourd. En 1978, la société gérait cinquante navires, des vraquiers, des minéraliers, des pétroliers, des transporteurs de voitures et autre vraquiers OBO. Au milieu des années 1980, Thenamaris commençait à gérer des VLCC et des ULCC.
Le vraquier "Nantor", armé sous pavillon luxembourgeois par l'armement français Setaf Saget (groupe Bourbon) a été vendu à Thenamaris pour 45 millions de dollars, en 2007. Il prenait en décembre de cette année-là, le nom de "Globetrotter" sous pavillon maltais.
En décembre 2008, le pétrolier de 244 m "Seafaith II" de Thenamaris perdait son ancre alors qu'il se trouvait à quelques encablures de la Sicile. Ce n'est qu'en se mettant à l'abri de la Sardaigne que l'équipage s'apercevra de la perte. L'ancre éventrait le gazoduc de la TransMediterranean Pipeline  Company qui transporte le gaz naturel algérien vers l'Europe en passant par la Tunisie et la Sicile. Une baisse de pression sur le réseau a permis de détecter la fuite au fond de la mer, où l'ancre sera retrouvée. Le contrôle du trafic et la présence d'une ancre toute neuve sur le "Seafaith II" permettront aux enquêteurs de faire rapidement le lien.
En 2011, Thenamaris LNG Inc. a été créé afin d'entreprendre la gestion de trois méthaniers de haute spécification construits au chantier naval Samsung Heavy Industries. Depuis 2017, Thenamaris LNG gère également quatre transporteurs de GPL construits au chantier naval Hyundai Mipo.
En 2020, Thenamaris ConBulk Inc. a vu le jour pour faciliter la gestion des porte-conteneurs et des vraquiers qui jusque là étaient gérés par Thenamaris en commun avec la flotte des navires-citernes. Thenamaris continue de se développer avec nouveaux vraquiers propulsés par des moteurs GNL X-DF offrant de nouvelles normes marines avec la technologie des gaz à basse pression, et quatre transporteurs de GPL livrables en 2020 et 2021.
La flotte Thenamaris est composée de 62 pétroliers, 20 vraquiers, 2 porte-conteneurs, 5 méthaniers et 6 transporteurs de GPL en 2021.
Deux explosions dans la nui du 14 février 2025 touchaient le "Seajewel" alors au mouillage devant le port de Savone, en Italie. La première explosion créait un trou d'au moins 1,50 mètre dans la coque. La seconde se produisait dans la mer. En provenance d'Algérie, le navire était chargé, sa double coque résistait à l'impact et limitait les dégâts. La suspicion d'un attentat était forte, des plongeurs ayant détecté des traces d'une explosion provoquée par un agent extérieur sur la coque du "Seajewel".